Afrika maak reusesprong met genoomstudie
Afkoms van Covid-variante bepaal
Die grootste konsortium van wetenskaplike en openbare gesondheidsinstellings in Afrika ooit het saamgespan om die vasteland se datagedrewe reaksie op Covid-19 te ondersteun.
Covid-19 se dodelike Delta-variant het hoofsaaklik vanaf Indië na Afrika oorgespoel, toon nuwe navorsing oor genoomwaarneming op die vasteland.
Die oorsprong van Delta in Afrikalande is in sowat 72% van gevalle na Indië teruggespeur, luidens ‘n verslag oor SARS-CoV-2-variante op die vasteland wat onlangs in die toonaangewende wetenskaplike joernaal, Science, gepubliseer is.
Die studie is onder aanvoering van twee laboratoriums gedoen wat die netwerk vir genoomwaarneming in Suid-Afrika gevestig het – die Centre for Epidemic Response and Innovation (Ceri) aan die Universiteit Stellenbosch en die wêreldbekende KwaZulu Natal Research and Innovation Sequencing Platform (Krisp) aan die Universiteit van Kwazulu-Natal.
Die navorsing het in noue samewerking met die Afrika Sentrums vir Siektebeheer en -voorkoming (CDC), die Wêreldgesondheidsorganisasie (WGO) se streekkantoor in Afrika en 300 ander instellings oraloor die vasteland geskied.
Buiten vir Indië, is die oorsprong van die Delta-variant in Afrikalande in 8% van gevalle na Europa teruggespeur, terwyl 5% hul oorsprong in die Verenigde Koninkryk (VK) en 2,5% in die VSA gehad het.
ANDER VARIANTE
Die Alpha-variant van Covid-19 wat teen die einde van 2020 in Europa vlamgevat het, het golwe in 43 lande veroorsaak en is tussen gemeenskappe in Ghana, Nigerië, Kenia, Gaboen en Angola oorgedra.
Covid-19 se greep op Afrika het versterk met die Omicron-variant. Aanvanklike infeksies se oorprong het in 95% van gevalle uit Europa en Noord-Amerika gespruit.
Infeksies deur die Omicron BA.2-variant in Afrika was aanvanklik sowat 65% uit Europa en 30% Asië afkomstig.
NAVORSING
Meer as 300 navorsers in Afrika en oorsee het saamgewerk om meer as 100 000 genome te ontleed en beskryf en sodoende SARS-CoV-2-variante intyds te karakteriseer.
Dit was die grootste konsortium van wetenskaplike en openbare gesondheidsinstellings in Afrika ooit wat saamgespan het om die vasteland se datagedrewe reaksie op Covid-19 te ondersteun.
Die studie is ‘n toonbeeld van hoe groot belegging, samewerking en kapasiteitsbou in genoomwaarneming in Afrika regerings se intydse gesondheidsreaksie moontlik gemaak het.
Dit verwys spesifiek na die vestiging van die CDC se Africa Pathogen Genomics Initiative (Africa PGI), asook die kontinentale netwerk deur die CDC en WHO in Afrika om toegang tot genomiese volgordebepaling te verbeter en blindekolle in genoomwaarneming te monitor. Dit was samelopend met die aantal lande wat hul eie genomiese volgordebepaling van SARS-CoV-2 kan doen.
‘KARDINALE BELANG’
Volgens dr. Yenew Kebede, die afdelingshoof van laboratoriese stelsels en die waarnemende hoof van die CDC se siektewaarneming en –intelligensie in Afrika: “Die publikasie beklemtoon dat volgehoue belegging in diagnostiese en genomiese waarneming in Afrika nodig was om nie net SARS-CoV-2 op die vasteland te bestry nie, maar ook om ‘n platform te skep wat die bedreiging van ontluikende en herontluidende endemiese aansteeklike siektes soos Ebola, MIV/vigs, tuberkulose en malaria te takel.”
Kebede sê dié beleggings is van “kardinale belang” om op pandemiese in Afrika voorbereid te wees en daarop te kan reageer. Dit sal gesondheid op die vasteland in die 21ste eeu goed dien.
“Die geweldige sprong wat Afrika die afgelope twee jaar in genoomwaarneming gemaak het, is die silwer randjie van die Covid-19-pandemie,” sê dr. Matshidiso Moeti, die WGO se streekdirekteur in Afrika.
“Die vasteland is nou beter vir beide ou en ontluikende patogene voorberei. Hierdie is ‘n model van hoe Afrikane met blywende verandering vorendag kan kom as hulle aan die stuur van sake is en hoe hulle ‘n tree vóór gevaarlike siektes kan bly,” aldus Moeti.
BEMAGTIG
Dr. Houriiyah Tegally, ‘n statistikus in bio-inligting verbonde aan Krisp en Ceri en medeskrywer van die navorsingsverslag, sê: “Dit was ‘n inspirerende geleentheid om tydens die pandemie deurgaans inligting te deel, mekaar te ondersteun en van kollegas oraloor die vasteland te leer.
Klein lande wat voorheen geen genomiese ondervinding gehad het nie, is in metodes vir volgordebepaling en bio-inligting bemagtig. Hulle kan nou ‘n aktiewe rol in gereelde genoomwaarneming van patogene van SARS-CoV-2 deelneem, sê sy.
Daar bestaan nou ‘n goeie model van hoe lande se wetenskaplikes en staatgesondheidsamptenare in die toekoms oorgrens ‘n verenigde front teen aansteeklike siektes kan vorm, sê Tegally.
Die bevindings van die navorsing toon ook die rol wat Afrika se kapasiteit vir vroeë waarskuwing, danksy genoomwaarneming, in die res van die wêreld gespeel het om nuwe variante en hul afkoms te bespeur – veral met die Beta-variante en die verskillende subvariante van Omicron.
Die navorsing bewys dat die meeste SARS-CoV-2-variante wat ‘n epidemie in Afrika veroorsaak het, van oorsee afkomstig was.
Die wetenskaplikes het die ontleding van genomiese en epidemiologiese data versigtig benader om die transmissiedinamiek van die virus so akkuraat as moontlik te herkonstrueer. Die data is in meer as 50 lande ingesamel wat heterogene epidemies ondervind het.
IRONIES
Dis ironies dat die meeste van die variante wat na Afrika oorgespoel het, van oorsee afkomstig was, maar dat Afrika die vasteland is waarteen wêreldwyd die meeste gediskrimineer is en die swaarste gestraf is weens reisbeperkings, meen prof. Tulio de Oliveira, die direkteur van Ceri en Krisp. De Oliveira was die hoof van die konsortiumontleding in samewerking met die CDC en WGO in Afrika.
“In plaas van onwetenskaplike en onvanpaste reaksies, moet ons eerder op die infrastruktuur bou wat in Afrika gevestig is sodat die vasteland vining na ander epidemies kan draai sonder om bang te wees hulle word gestraf,” sê hy.
Volgens dr. Ahmed Ogwell, die waarnemende direkteur van die CDC in Afrika: “Die studie is ‘n testament van die CDC in Afrika: Africa PGI poog om toegang tot volgordebepaling aan lidlande uit te brei and ‘n platform van samewerking en koördinering tussen instellings binne én buite die vasteland te skep.”
Die oorsprong van Delta in Afrikalande is in sowat 72% van gevalle na Indië teruggespeur, luidens ‘n verslag oor SARS-CoV-2-variante op die vasteland wat onlangs in die toonaangewende wetenskaplike joernaal, Science, gepubliseer is.
Die studie is onder aanvoering van twee laboratoriums gedoen wat die netwerk vir genoomwaarneming in Suid-Afrika gevestig het – die Centre for Epidemic Response and Innovation (Ceri) aan die Universiteit Stellenbosch en die wêreldbekende KwaZulu Natal Research and Innovation Sequencing Platform (Krisp) aan die Universiteit van Kwazulu-Natal.
Die navorsing het in noue samewerking met die Afrika Sentrums vir Siektebeheer en -voorkoming (CDC), die Wêreldgesondheidsorganisasie (WGO) se streekkantoor in Afrika en 300 ander instellings oraloor die vasteland geskied.
Buiten vir Indië, is die oorsprong van die Delta-variant in Afrikalande in 8% van gevalle na Europa teruggespeur, terwyl 5% hul oorsprong in die Verenigde Koninkryk (VK) en 2,5% in die VSA gehad het.
ANDER VARIANTE
Die Alpha-variant van Covid-19 wat teen die einde van 2020 in Europa vlamgevat het, het golwe in 43 lande veroorsaak en is tussen gemeenskappe in Ghana, Nigerië, Kenia, Gaboen en Angola oorgedra.
Covid-19 se greep op Afrika het versterk met die Omicron-variant. Aanvanklike infeksies se oorprong het in 95% van gevalle uit Europa en Noord-Amerika gespruit.
Infeksies deur die Omicron BA.2-variant in Afrika was aanvanklik sowat 65% uit Europa en 30% Asië afkomstig.
NAVORSING
Meer as 300 navorsers in Afrika en oorsee het saamgewerk om meer as 100 000 genome te ontleed en beskryf en sodoende SARS-CoV-2-variante intyds te karakteriseer.
Dit was die grootste konsortium van wetenskaplike en openbare gesondheidsinstellings in Afrika ooit wat saamgespan het om die vasteland se datagedrewe reaksie op Covid-19 te ondersteun.
Die studie is ‘n toonbeeld van hoe groot belegging, samewerking en kapasiteitsbou in genoomwaarneming in Afrika regerings se intydse gesondheidsreaksie moontlik gemaak het.
Dit verwys spesifiek na die vestiging van die CDC se Africa Pathogen Genomics Initiative (Africa PGI), asook die kontinentale netwerk deur die CDC en WHO in Afrika om toegang tot genomiese volgordebepaling te verbeter en blindekolle in genoomwaarneming te monitor. Dit was samelopend met die aantal lande wat hul eie genomiese volgordebepaling van SARS-CoV-2 kan doen.
‘KARDINALE BELANG’
Volgens dr. Yenew Kebede, die afdelingshoof van laboratoriese stelsels en die waarnemende hoof van die CDC se siektewaarneming en –intelligensie in Afrika: “Die publikasie beklemtoon dat volgehoue belegging in diagnostiese en genomiese waarneming in Afrika nodig was om nie net SARS-CoV-2 op die vasteland te bestry nie, maar ook om ‘n platform te skep wat die bedreiging van ontluikende en herontluidende endemiese aansteeklike siektes soos Ebola, MIV/vigs, tuberkulose en malaria te takel.”
Kebede sê dié beleggings is van “kardinale belang” om op pandemiese in Afrika voorbereid te wees en daarop te kan reageer. Dit sal gesondheid op die vasteland in die 21ste eeu goed dien.
“Die geweldige sprong wat Afrika die afgelope twee jaar in genoomwaarneming gemaak het, is die silwer randjie van die Covid-19-pandemie,” sê dr. Matshidiso Moeti, die WGO se streekdirekteur in Afrika.
“Die vasteland is nou beter vir beide ou en ontluikende patogene voorberei. Hierdie is ‘n model van hoe Afrikane met blywende verandering vorendag kan kom as hulle aan die stuur van sake is en hoe hulle ‘n tree vóór gevaarlike siektes kan bly,” aldus Moeti.
BEMAGTIG
Dr. Houriiyah Tegally, ‘n statistikus in bio-inligting verbonde aan Krisp en Ceri en medeskrywer van die navorsingsverslag, sê: “Dit was ‘n inspirerende geleentheid om tydens die pandemie deurgaans inligting te deel, mekaar te ondersteun en van kollegas oraloor die vasteland te leer.
Klein lande wat voorheen geen genomiese ondervinding gehad het nie, is in metodes vir volgordebepaling en bio-inligting bemagtig. Hulle kan nou ‘n aktiewe rol in gereelde genoomwaarneming van patogene van SARS-CoV-2 deelneem, sê sy.
Daar bestaan nou ‘n goeie model van hoe lande se wetenskaplikes en staatgesondheidsamptenare in die toekoms oorgrens ‘n verenigde front teen aansteeklike siektes kan vorm, sê Tegally.
Die bevindings van die navorsing toon ook die rol wat Afrika se kapasiteit vir vroeë waarskuwing, danksy genoomwaarneming, in die res van die wêreld gespeel het om nuwe variante en hul afkoms te bespeur – veral met die Beta-variante en die verskillende subvariante van Omicron.
Die navorsing bewys dat die meeste SARS-CoV-2-variante wat ‘n epidemie in Afrika veroorsaak het, van oorsee afkomstig was.
Die wetenskaplikes het die ontleding van genomiese en epidemiologiese data versigtig benader om die transmissiedinamiek van die virus so akkuraat as moontlik te herkonstrueer. Die data is in meer as 50 lande ingesamel wat heterogene epidemies ondervind het.
IRONIES
Dis ironies dat die meeste van die variante wat na Afrika oorgespoel het, van oorsee afkomstig was, maar dat Afrika die vasteland is waarteen wêreldwyd die meeste gediskrimineer is en die swaarste gestraf is weens reisbeperkings, meen prof. Tulio de Oliveira, die direkteur van Ceri en Krisp. De Oliveira was die hoof van die konsortiumontleding in samewerking met die CDC en WGO in Afrika.
“In plaas van onwetenskaplike en onvanpaste reaksies, moet ons eerder op die infrastruktuur bou wat in Afrika gevestig is sodat die vasteland vining na ander epidemies kan draai sonder om bang te wees hulle word gestraf,” sê hy.
Volgens dr. Ahmed Ogwell, die waarnemende direkteur van die CDC in Afrika: “Die studie is ‘n testament van die CDC in Afrika: Africa PGI poog om toegang tot volgordebepaling aan lidlande uit te brei and ‘n platform van samewerking en koördinering tussen instellings binne én buite die vasteland te skep.”
Kommentaar
Republikein
Geen kommentaar is op hierdie artikel gelaat nie